En el Escambray, el Comandante Osvaldo Ramírez estaba tratando de vertebrar una extensa red de suministros, reclutando a simpatizantes de la zona. En Fomento, Trinidad, Sancti Spíritus, Manicaragua, Cienfuegos, Santa Clara y una docena más de pueblos villareños, se vertebró una poderosa organización clandestina, con la misión de apertrechar a los combatientes de los montes. Con los nexos rotos con la CIA, sin tener confianza en las promesas de los yanquis, Ramírez se preparó para librar una guerra de liberación, sin ayuda exterior.

La labor titánica de mantener a un ejército guerrillero, comenzó de nuevo. Los suministros eran pasados de mano en mano. Un par de botas por aquí, una hamaca por allá, una caja de balas o una metralleta robada, un revólver regalado por un colaborador, medicinas donadas por un farmacéutico, latas de comida regaladas por un bodeguero, suministros recogidos en pueblos y ciudades, eran transportados a las fincas en El Escambray, donde eran recogidas por los combatientes. De esta manera, con el apoyo de centenares de campesinos y obreros en la provincia, los alzados comenzaron a abastecerse.

Ramírez dedicó parte de su tiempo a establecer una línea de prácticos, para poder mover sus guerrillas de zona en zona, burlándose de las patrullas del ejército. Los prácticos, eran hombres, mujeres y niños de la región, algunos trabajaban de día como monteros, en las fincas y por la noche servían de guías para los grupos de alzados. Los prácticos_ se conocían trillos, atajos y caminos que no aparecían en los mapas. Una guerrilla perseguida por el ejército castrista se podía mover de región en región a toda velocidad, cambiando constantemente de prácticos, mientras las milicias cerraban cercos sobre campos vacíos.

El ejército castrista, contaba con sus propios prácticos, a los cuales se les llamaba guajimapas. Entre los guajimapas del ejército castrista habían varios que, en realidad trabajaban para las guerrillas, guiando a las milicias en búsquedas inútiles, que duraban semanas. Uno de los más conocidos fue el Capitán Bombino, un recio guajiro. que en muchas ocasiones se apareció en el campamento de Osvaldo Ramírez, para avisarle a los alzados, de peines que se avecinaban en la zona. Bombino, a riesgo de ser baleado por un francotirador guerrillero, o descubierto como doble agente por los castristas, arriesgó su pellejo por muchos meses guiando al ejército en cacerías inútiles.

Otro gran colaborador de los alzados fue Juan Francisco Rodríguez, un experto tirador y jinete, capitán de milicias, el cual, al ser descubierto, escapó en su caballo, en una fuga espectacular. Perseguido por jeeps llenos de milicianos armados, Rodríguez mató a uno de un certero balazo en la frente, evadiendo su captura al lanzarse al trote por una peligrosa cañada.

Con el fortalecimiento de las guerrillas, los alzados comenzaron nuevamente a golpear las tropas castristas. A forales de octubre de 1961, una guerrilla dirigida por Vale Montenegro y Miner de la Torre, atacó El Pajarito, un cuartel de milicias y centro de acopio regional del gobierno. Los guerrilleros del Frente Sur del Llano, capturaron varias armas largas y prendieron candela a cinco naves, donde se almacenaban productos de abastecimiento. En la zona de Cienfuegos, hubo incendios de sembradíos en las cooperativas estatales. En la carretera a Zulueta (al norte de la Provincia), un autobús fue desalojado de pasajeros e incendiado por las guerrillas. En las cercanías de Cumanayagua, los hombres de Rigoberto Tarta bull, emboscaron a un jeep. Siete milicianos fueron muertos en este combate. El cuartel de milicias de Diana fue asultado por los alzados. En diferentes lugares de la Provincia, varias fincas de simpatizantes e informantes del régimen fueron quemadas. En las carreteras de Fomento a Baez, y en las cercanías de Manicaragua, camiones del ejército fueron ametrallados. En el Escambray, un grupo de alzados dieron muerte al brigadista-alfabetizador Pedro Ascunce Domenech y a un colaborador castrista llamado Pedro Lantigua.

Los asesinatos de Domenech y Lantigua no tenían justificación política, pues aunque ambos eran castristas, estaban desarmados, y Domenech era menor de edad. Entre los jefes guerrilleros hubo un repudio hacia este acto irresponsable. El régimen castrista utilizaba estos accidentes, muy poco frecuentes en la guerrilla, para representar a los alzados como criminales y ladrones. Osvaldo Ramírez, consciente de que la muerte de Conrado Benítez había sido contraproducente para la causa anti-castrista (aunque Benítez había sido informante del régimen), dió la orden, de que las guerrillas no podían ajusticiar a colaboradores comunistas, sólo estaban permitidos estas muertes, si se podían documentar crímenes, perpetuados por estos individuos contra los alzados. Aunque el asesinato de Domenech recibió mucha publicidad por parte del régimen, también es cierto que el gobierno de Castro, en la búsqueda de mártires, irresponsablemente, envió a centenares de brigadistas-alfabetizadores a zonas de combate, instándolos a que sirvieran de delatores. Al régimen castrisca le convenía los mártires, y trató de crearlos, enviando a imberbes jóvenes alfabetizadores a zonas de combate. Los pocos crímenes aislados cometidos por grupos guerrilleros, no se comparan, es más, son pálidos, ante los centenares de crímenes, torturas, y fusilamientos, perpetrados por los milicianos en la Sierra y por oficiales de Seguridad del Estado en los diferentes centros de interrogación de la Provincia.

La Ley 988, fue decretada por el régimen castrista con el propósito de justificar los crímenes cometidos contra los alzados y colaboradores en Las Villas. Esta ley permitía la confiscación de propiedades privadas de insurgentes, y los fusilamientos de jefes guerrilleros y alzados que fueran encontrados culpables de cometer crímenes con tra los poderes del Estado.

En reacción a la creciente ola de sabotajes y emboscadas perpetradas por las guerrillas, el régimen decidió llevar a cabo la Segunda Limpia del Escambray.
Comenzaron a llegar nuevamente. Camiones y autobuses cargados de tropas. Jeeps equipados con ametralladoras de grueso calibre. Carros blindados para patrullas de carreteras. Más de setenta mil milicianos de las otras cinco provincias llegaron a Las Villas para participar en las operaciones militares. De acuerdo al propio Carlos Franqui, en su libro Retrato de Familia, un general del ejército soviético sirvió de consejero militar en las operaciones que se llevaron a cabo contra las guerrillas.

Y comenzaron los combates. Violentos encuentros en Veguitas, Matas de Café, El Potrero de Guinia, Guanayara, El Dátil, La Botella, Yaraguza y otros muchos lugares. En las cercanías de Zulueta, murió el jefe guerrillero Domingo Melena. En otro cerco, falleció Rafael García Catalá, otro lider de los alzados.

Pero los hombres del Escambray eran hombres muy duros. Cuando Julio Emilio Carretero fue herido de un balazo en el pecho, Tomasito San Gil lo ayudó a escapar del cerco. Perseguidos por centenares de milicianos, ambos hombres se escondieron en un espinoso aromal. Pasaron días escondidos, y los gusanos infestaron la herida de Carretero. Arriesgándose a ser emboscado, San Gil le pidió ayuda a un guajiro. El campesino les proporcionó agua y comida, pero la única medicina con que contaba era creolina, que se utilizaba en el campo para curar caballos. San Gil, con la rama de una aroma, le quitó los gusanos de la herida a Carretero, pinchándolos con las espinas de la rama. Después, con sus manos, Tomasito derramó la creolina, en la pestilente herida de Carretero. La cura campesina fue muy efectiva y unas semanas después ambos guerrilleros estaban activos nuevamente, emboscando patrullas de la milicia y peleando duro por la libertad de Cuba.

Un jefe guerrillero que murió en combate en esta etapa, fue Manolito Rodríguez, un temerario combatiente de 25 años de edad, conocido por El Habanero. Era hijo de una familia acomodada, El Habanero, dejó un buen trabajo en la Compañía de la Electricidad y a una esposa a punto de darle una hija, para alzarse en los montes de Las Villas. En breve tiempo, llegó a ser capitán- de una guerrilla, estableciendo la reputación de ser un hombre sin miedo, dispuesto a todo. al encontrarse rodeado por el ejército, se batió fieramente, cuando una bala de grueso calibre le destrozó el hombro izquierdo, pero, El Habanero cubrió la retirada de sus hombres, disparando la Thompson con una mano, y la culata apretada contra sus axilas. Cuando las balas se le acabaron, logró matar a un soldado a culatazos, antes de ser rematado, por las tropas enemigas. Manolito Rodriguez, El Habanero murió sin conocer a su hija recién nacida.

En febrero de 1962, la guerrilla de Juan Felipe Castro, conocido como Sancti Spirítus, tendió una emboscada a tropas del gobierno, en la región del Hanabanilla. En un violento combate, los hombres del Frente Sur del Llano, dispararon a quemarropa sobre las fuerzas castristas, causándole a la milicia dos docenas de bajas, entre muertos y heridos.

La Segunda Limpia continuó. Camiones de milicianos heridos. llegaban a los hospitales de Santa Clara y Cienfuegos. El Condado, en el término municipal de Trinidad, era el centro de detención de Seguridad del Estado (G2) y se encontraba abarrotado de campesinos detenidos por las tropas castristas. Casi todas las noches había fusilamientos de guerrilleros capturados o colaboradores en las líneas de suministros. Es imposible saber con exactitud, cuántos patriotas cubanos fueron fusilados en El Condado de 1960 a 1966, pero indiscutiblemente, fueron varios centenares. Los cadáveres ametrallados, eran enterrados en fosas comunes, rara vez eran entregados a sus familiares inmediatos.

Al igual que en la limpia anterior, las tropas castristas continuaron la relocalización de centenares de familias campesinas, todas aquellas que tuvieran familiares guerrilleros, o que consideraban que pudieran estar vinculadas a las líneas de colaboración. Pero a pesar de las relocalizaciones, de los centenares de arrestos, de que se sellaron las carreteras, y se peinaran los montes, los fusilamientos de los alzados y de contar con la extraordinaria ventaja de una superiodad númerica cien veces mayor a la del número de alzados; la Segunda Limpia tampoco pudo erradicar el movimiento guerrillero del Escambray. Docenas de grupos sobrevivieron a la limpia.

Frustrados ante la impotencia de no poder eliminar a las guerrillas con movimientos masivos de tropas, el régimen castrista decidió crear unidades especiales de contra-guerrillas, a las que denominó Lucha Contra Bandidos (LCB).